El Herbario del Jardín Botánico Nacional Dr. Rafael M. Moscoso, conocido internacionalmente por su acrónimo JBSD fue inaugurado el 15 de agosto del 1976 bajo la dirección del botánico Alain Henri Liogier, aunque en su colección existen muchos ejemplares del 1972. Este herbario fue creado con el objetivo de tener una amplia representación de todas las especies de las plantas tanto de la República Dominicana como de Haití, que sirviera de base y soporte fundamental para escribir la flora de la Isla Hispaniola.
En este se preserva la mayor colección de muestras botánicas de la isla, albergando en su colección unos 134,342 ejemplares .debidamente archivados, provenientes de distintas regiones y localidades de La Hispaniola, Puerto rico, Cuba y otras islas del Caribe y algunos países de Centro y Sur América. Este número va en aumento de manera permanente, como resultados de las nuevas recolectas que realizan los técnicos del jardín, así como por donaciones e intercambios con otros herbarios nacionales e internacionales.
Las colecciones más numerosas depositadas en este herbario corresponden a los botánicos: Alain Henri Liogier, Thomas Zanoni, Donald Dod, Milcíades Mejía, Ricardo García, Teodoro Clase, Francisco Jiménez, Brígido Peguero, Alberto Veloz. También se pueden apreciar recolecta de los botánicos Erik L. Ekman, Miguel Canela Lázaro, hermano Basilio Augusto Lavastre y otros colectores que han visitado el acervo.
El herbario es un laboratorio de consultas y soporte para la investigación botánica, estudios taxonómicos y florísticos, Ecología Vegetal, Fitogeografía, Etnobotánica, Farmacología, Sistemática y otras disciplinas, especialmente para la docencia, siendo además un gran apoyo para investigadores y estudiantes universitarios
Otras funciones del herbario es servir de base para la realización de los inventarios de flora, diagnosticar el estado de amenaza de plantas de la Isla Hispaniola, apoyar a las diferentes instituciones que desarrollan programas y proyectos de conservación entre otros. También, brinda atención al público general con interés en la botánica y presta asistencia en la identificación de plantas.
Los voucher de herbario se encuentran archivados en carpetas de distintos colores: crema (recolectadas en el medio silvestre en la isla), franja azul (recolectadas en otros países, no importa que sean nativas de La Hispaniola) y franja verde (recolectadas en cultivo, no importa que sean o no autóctonas de La Hispaniola) y rojo que pertenecen a los ejemplares Tipo; estos últimos cabe destacar que son la muestra de referencia cuando se describe por primera vez una especie para la ciencia.
Cada ejemplar contiene una ficha técnica que contiene una breve descripción de la muestra: Familia, nombre científico de la especie, ligera descripción de la planta, donde se recolectó, el estado reproductivo (estéril, botones florales, flores, frutos), especies asociadas, fecha de la colecta, las coordenadas geográficas, la elevación, nombre del recolector (es).
Los ejemplares para llegar al herbario deben pasar por un proceso que tiene varios pasos 1- Se colecta la muestra en el campo, se numeran y se prensan, 2- luego de prensada se coloca en un secador de luz ultravioleta para el disecado. 3- Se somete a temperatura bajo cero por una semana para desinfectarla, por si trae algún insecto fitófago. 4- Se monta en la cartulina especial para herbario, se le asigna el nombre científico de la especie, 5- se le asigna el número del herbario que le corresponde y 6- se archiva en folder de la familia y el género correspondiente.
Cabe destacar que cada año el herbario recibe investigadores de diferentes partes del mundo, con el propósito de realizar estudio sobre nuestra flora utilizando el herbario como referencia de la misma.
